学校建有长江三峡滑坡国家级野外科学观测研究站，三峡库区地质灾害省部共建教育部重点实验室，2个原国家电力公司重点实验室（211工程建设项目），3个湖北省重点实验室，2个湖北省工程技术研究中心，3个湖北省重点人文社会科学研究基地；建有水电科学研究院、地质灾害防治研究院、高等教育研究所、武陵民族研究院、建筑设计研究院、生物技术研究中心、分子生物学研究所、软件工程研究中心、再生能源研究所、智能视觉与图像信息研究所、危急安全管理研究所、肿瘤研究所、新型能源材料实验室等60余个校级科研机构。学校具有建筑工程设计甲级资质，地质灾害防治工程设计、监理、勘测甲级资质，水利工程设计、电力工程设计乙级资质，是国家电力公司授予的水电工程建设甲级监理单位，是湖北省质量技术监督局确认的电气设备检测中心、土木水电工程质量检测中心。

　　学校近5年来承担各级各类科研项目1679项，其中国家攻关课题、“973计划”项目、“863计划”项目、国家自然科学基金、国家社会科学基金项目、国家重点科技攻关等重点科研项目近100项，累计项目经费近4亿元；有64项科研成果获省部级及以上奖励，其中，获国家科学技术进步二等奖4项，教育部科技进步二等奖2项，中国岩石力学与工程学会一等奖3项，获中国爆破工程学会特等奖1项；获湖北省科技进步奖特等奖2项、一等奖7项、二等奖13项、三等奖22项；获湖北省社会科学优秀成果二等奖3项、三等奖8项；获授权发明专利100余项；公开出版学术专著、译著、教材250余部，公开发表学术论文累计10000余篇，其中被三大检索收录、人大复印资料转载的论文达980余篇；有600多项技术开发成果被应用于水电工程建设、灾害防治、大坝监测、边坡绿化、工程管理、生态环境保护、生物化工、医药卫生、旅游规划等行业领域。近3年，学校教师共承担各级各类教学研究课题245项，其中省部级项目56项；在近两届优秀教学成果奖评选中，共获省级优秀教学成果奖16项，其中一等奖5项。学校主办有《三峡大学学报（自然科学版）》、《三峡大学学报（人文社会科学版）》、《实用医学进修杂志》、《水电工程进展》、《灾害与防治工程杂志》等学术期刊。